Las aguas termales son conocidas como entornos extremos altamente adversos donde pueden sobrevivir microorganismos termófilos y hipertermófilos. Describimos la diversidad taxonómica de varios biofilms microbianos recolectados a lo largo de un gradiente de temperatura del agua en los manantiales termales del sistema acuático de los manantiales Stolbovskie en la isla Kunashir, Kuriles, Rusia. La composición taxonómica de las comunidades microbianas estudiadas se evaluó mediante metabarcoding del gen 16S rRNA para bacterias y arqueas, y mediante metabarcoding del gen 18S rRNA para protistas. La riqueza y diversidad de bacterias en las comunidades microbianas geotérmicas disminuyó con el aumento de la temperatura, mientras que para las arqueas, la tendencia fue opuesta. Ciliophora fue el taxón más representado de protistas. Los biofilms de varios tipos que encontramos en una área muy local del sistema geotérmico eran diferentes entre sí por su composición taxonómica, y el nivel de su diversidad taxonómica fue significativamente influenciado por la temperatura del agua.