Este estudio evaluó la diversidad genética, los tramos de homocigosis (ROH) y las firmas de selección en 11 poblaciones de siete razas de gallinas japonesas nativas y tres razas de gallinas extranjeras utilizando 11,493 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) de la secuenciación de ADN asociada a sitios de restricción. Seis poblaciones de gallinas japonesas mostraron una diversidad moderada, con una raza exhibiendo una mayor diversidad genética. Los análisis poblacionales agruparon las 11 poblaciones en cuatro clústeres, revelando valores de ROH generalmente más bajos en las poblaciones japonesas que en las poblaciones extranjeras. Los análisis de ROH y Fst identificaron siete SNPs dentro de las firmas de selección, cinco de los cuales eran variantes genéticas candidatas para el comportamiento relacionado con el miedo.