Diversidad genética y estructura poblacional en basada en marcadores de polimorfismos de nucleótido único (SNP)
Autores: Li, Jinhui; Wei, Shouhui; Huang, Zhaofeng; Zhu, Yuyong; Li, Longlong; Zhang, Yixiao; Ma, Ziqing; Huang, Hongjuan
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Diversidad genética y estructura poblacional en basada en marcadores de polimorfismos de nucleótido único (SNP)
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Mala hierba
Diversidad genética
Estructura de la población
Polimorfismos de nucleótido único
Diferenciación genética
Análisis de agrupamiento
Licencia
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Consultas: 44
Citaciones: Sin citaciones
es una maleza nociva en el ecosistema agrícola que limita la producción de muchos cultivos. El objetivo del presente estudio fue comprender el nivel de diversidad genética y la estructura de la población de en China. Se llevó a cabo un método de secuenciación de fragmentos amplificados de locus específico (SLAF) para detectar polimorfismos de nucleótido único (SNP) en los genomas de 66 poblaciones en China. Se identificaron un total de 616,533 SNP de alta calidad a partir de 189,840 SLAFs, con una profundidad de secuenciación promedio de 10.59x y un valor Q30 del 93% y un contenido de GC del 42.78%. Mostró una cantidad considerable de diversidad genética y variabilidad genética de entre las muestras. La diferenciación genética de indicó que había un bajo nivel de diferenciación genética (Fst < 0.1000) entre las poblaciones geográficas. Un análisis de conglomerados mostró que las poblaciones de se dividieron en dos subgrupos, con algunas muestras de posiciones adyacentes agrupadas aproximadamente juntas, lo que mostró cierta correlación entre los orígenes geográficos. Un análisis de la estructura de la población sugirió que las 66 muestras podrían haberse originado en tres grupos genéticos diferentes. El sitio de Xinjiang fue el único lugar donde se encontraron todos los grupos genéticos, lo que sugiere que estas poblaciones eran genéticamente diversas. Estos resultados mostraron que había un alto grado de diversidad genética y poca diferencia entre las diferentes poblaciones geográficas de . Los resultados de la estructura genética de los marcadores de SNP indicaron que existe una amplia variabilidad genética entre la población de en China, lo que puede contribuir a la adaptación e infestación de esta especie de maleza.
Descripción
es una maleza nociva en el ecosistema agrícola que limita la producción de muchos cultivos. El objetivo del presente estudio fue comprender el nivel de diversidad genética y la estructura de la población de en China. Se llevó a cabo un método de secuenciación de fragmentos amplificados de locus específico (SLAF) para detectar polimorfismos de nucleótido único (SNP) en los genomas de 66 poblaciones en China. Se identificaron un total de 616,533 SNP de alta calidad a partir de 189,840 SLAFs, con una profundidad de secuenciación promedio de 10.59x y un valor Q30 del 93% y un contenido de GC del 42.78%. Mostró una cantidad considerable de diversidad genética y variabilidad genética de entre las muestras. La diferenciación genética de indicó que había un bajo nivel de diferenciación genética (Fst < 0.1000) entre las poblaciones geográficas. Un análisis de conglomerados mostró que las poblaciones de se dividieron en dos subgrupos, con algunas muestras de posiciones adyacentes agrupadas aproximadamente juntas, lo que mostró cierta correlación entre los orígenes geográficos. Un análisis de la estructura de la población sugirió que las 66 muestras podrían haberse originado en tres grupos genéticos diferentes. El sitio de Xinjiang fue el único lugar donde se encontraron todos los grupos genéticos, lo que sugiere que estas poblaciones eran genéticamente diversas. Estos resultados mostraron que había un alto grado de diversidad genética y poca diferencia entre las diferentes poblaciones geográficas de . Los resultados de la estructura genética de los marcadores de SNP indicaron que existe una amplia variabilidad genética entre la población de en China, lo que puede contribuir a la adaptación e infestación de esta especie de maleza.