Un paso necesario hacia el desarrollo de la diversidad genética es la protección de los valiosos recursos genéticos de los animales de granja que están en riesgo de extinción. Analizamos 375 individuos de nueve razas locales de ovejas criadas en Europa Central (área de los Cárpatos) de la República Checa, Eslovaquia, Polonia, Ucrania y Rumanía utilizando un panel de 13 marcadores de microsatélites para investigar las diferencias genéticas y evaluar la estructura genética entre y dentro de las razas, mejorando así las estrategias de cría y conservación futuras. El número medio de alelos fue de 8.84, el número medio de alelos efectivos fue de 4.76 y el contenido de información de polimorfismo (PIC) fue de 0.79. La diversidad se midió utilizando análisis de coordenadas principales (PCoA) así como la estructura genética, que reveló dos grupos principales. El primer grupo fue el de las ovejas Wallachianas checas (CVA) y la winiarka (SWI). El segundo grupo consistió en las ovejas Wallachianas mejoradas (IVA), las ovejas umava (SUM), las ovejas Wallachianas eslovacas (SVA), las ovejas de montaña polacas (POG), las ovejas Uhruska (UHR), las ovejas ucranianas (UKR) y las ovejas Tsurcana (TUR). Los valores de distancia genética y el coeficiente de fijación indican diferencias suficientes entre las razas analizadas (Gst = 0.052 y Fst = 0.063). Los valores negativos del coeficiente de endogamia también confirmaron la predominancia de la cría externa (Fis = -0.015). Los resultados obtenidos pueden ser útiles en programas de cría y planes de conservación para razas locales de ovejas, ya que sus recursos genéticos deben ser preservados para mantener un nivel adecuado de biodiversidad en la ganadería.