El conocimiento popular de la estructura de la población y la diversidad genética de una especie de planta es esencial para diseñar estrategias de mejora. El enfoque de genotipado por secuenciación (GBS) se ha utilizado para simplificar genomas complejos y se ha convertido en una herramienta molecular de alto rendimiento popular para seleccionar y criar muchas plantas cultivadas, incluidas aquellas con genomas grandes. Este estudio tuvo como objetivo construir una colección central de germoplasma de nogal () utilizando el enfoque GBS. Un panel de diversidad de 87 genotipos iniciales de nogal, que incluía 25 variedades locales, 12 cultivares y 50 poblaciones de plántulas, en su mayoría nativas de la provincia de Gansu en China, se sometió a GBS. Se identificaron un total de 110,497 SNPs de alta calidad que se utilizaron para determinar clústeres distintos y un número óptimo de subpoblaciones. El análisis de estructura dividió los genotipos en tres grupos distintos, que coincidían con su lugar y año de recolección, lo que sugiere un cierto grado de separación en el origen geográfico y la genealogía entre los tres grupos. Para maximizar la utilización del germoplasma, los genotipos se agruparon posteriormente según los subgrupos obtenidos a través del análisis de GBS. Para minimizar la redundancia de submuestras, la colección central se diseñó utilizando un conjunto de 6540 SNPs distribuidos en los 16 cromosomas. Finalmente, se ensambló una colección central que comprende nueve genotipos de nogal (10% del conjunto total de genotipos), que incluyen cinco cultivares, tres poblaciones de plántulas y una variedad local. El análisis de la estructura genética indicó que la colección central tiene una distribución desigual en la colección de variedades locales, lo que podría estar relacionado con las condiciones ambientales, y los genotipos de la colección de variedades locales son similares. En general, los resultados de este estudio y el establecimiento de la colección central facilitarán la mejora del nogal en futuros programas de cría.