La diversidad genética de 14 variedades autóctonas de ciruelo japonés (Lindl) adaptadas a un ecosistema de condiciones de inundación y sequía alternadas fue caracterizada utilizando marcadores neutrales de repetición de secuencias simples (SSR). Doce SSRs ubicados en seis cromosomas del genoma de referencia resultaron ser polimórficos, lo que permitió la identificación de todas las variedades evaluadas. La diferenciación entre individuos fue de moderada a alta (distancia media de alelos compartidos (DAS) = 0.64), mientras que la diversidad genética fue alta (índices medios de contenido de información de polimorfismo (PIC) = 0.62, heterocigosidad observada (Ho) = 0.51, heterocigosidad esperada no sesgada (uHe) = 0.70). Los enfoques de agrupamiento y estructura genética agruparon a todos los individuos en dos grupos principales que se correlacionaron con el color de la pulpa. Este hallazgo sugiere que las prácticas intuitivas de cría de los cultivadores tendían a seleccionar árboles de ciruelo según rasgos fenotípicos específicos. Estos marcadores neutrales fueron adecuados para estudios genéticos de poblaciones e identificación de cultivares. Además, evaluamos las regiones genómicas adyacentes a los SSR (25 kb) in silico para buscar genes candidatos relacionados con resistencia al estrés o asociados con otros rasgos agronómicos de interés. Interesantemente, al menos 26 de los 118 genes detectados parecen estar relacionados con la calidad de la fruta, el desarrollo de la planta y la resistencia al estrés. Este estudio sugiere que la caracterización molecular de variedades específicas de ciruelo japonés que se han adaptado a agroecosistemas extremos es un enfoque útil para localizar genes candidatos que son potencialmente interesantes para la cría.