Las aguas termales volcánicas de alta altitud de Julong en el noreste de China son de indudable interés para estudios microbiológicos debido a sus únicas y extremas condiciones ambientales. El objetivo de este estudio fue proporcionar un análisis exhaustivo de la composición, estructura y redes de la comunidad fúngica y bacteriana no explorada en sedimentos y agua de las aguas termales de Julong utilizando una combinación de métodos basados en cultivos y metabarcoding. Se aislaron un total de 65 cepas fúngicas y 21 cepas bacterianas. Los géneros fúngicos fueron dominantes en los sedimentos, mientras que los hongos más abundantes en el agua de la fuente termal fueron y. Las comunidades bacterianas en sedimentos y agua estaban dominadas por los géneros y, respectivamente. El análisis de metabarcoding reveló diferencias significativas en las comunidades de microorganismos de las dos fuentes termales. Los resultados sugirieron una fuerte influencia del pH en la diversidad microbiana analizada, al menos cuando las condiciones ambientales se volvieron claramente alcalinas. Nuestros análisis indicaron que las interacciones mutualistas pueden desempeñar un papel esencial en la formación de redes microbianas estables en las fuentes termales estudiadas. Las redes bacterianas, mucho más complicadas que las fúngicas descritas en nuestro estudio, pueden sugerir que las estrategias tróficas más flexibles de las bacterias son beneficiosas para su supervivencia y adaptación en condiciones extremas.