Los Puquios del Salar de Llamara en el desierto de Atacama, en el norte de Chile, son un sistema de pequeños lagos caracterizado por la deposición de minerales evaporíticos y que comúnmente alberga comunidades microbianas. Esta región es conocida por su extrema aridez, irradiación solar y fluctuaciones de temperatura. Los Puquios son un ecosistema altamente diverso con una variedad de tipos de fondo sedimentario. Nuestros resultados anteriores identificaron la conductividad eléctrica (CE) como un control ambiental de primer orden sobre los tipos de fondo. En el presente artículo, ampliamos nuestro análisis para examinar los efectos de parámetros ambientales adicionales sobre los tipos de fondo y considerar las razones de la importancia de la CE como control de la sedimentología. Nuestros resultados identifican las sustancias poliméricas extracelulares (SPE) producidas microbianamente como un actor principal en la determinación de los tipos de fondo. Las cantidades relativas y propiedades de las SPE están determinadas por la CE. Las SPE, a su vez, determinan la consistencia de los tipos de fondo, el intercambio del sustrato de fondo con la columna de agua superior y la precipitación mineral dentro del sustrato. Los estanques de baja CE en el sistema de Puquios tienen tipos de fondo floculentos a semi-cohesivos, con SPE de baja viscosidad que permiten un alto intercambio con las aguas circundantes y la precipitación mineral de yeso granular, carbonato y arcilla de Mg-Si en estrecha asociación con microbios. Los estanques con CE elevada tienen tipos de fondo que son estratificados y altamente cohesivos con SPE de alta viscosidad que restringen el intercambio entre sedimentos y las aguas circundantes; la precipitación mineral en estos estanques de alta CE incluye yeso granular a estratificado, carbonato y Mg-Si, que también se forman en estrecha asociación con microbios. Los tipos de fondo en estanques con CE por encima del umbral para comunidades microbianas bentónicas prósperas tienen acumulaciones insuficientes de SPE para afectar la precipitación mineral, y el mineral dominante es el yeso (selenita). Las variaciones en la producción de SPE a lo largo de los Puquios, asociadas con la heterogeneidad en las condiciones ambientales, hacen de la región de los Puquios un lugar ideal para comprender los controles de los tipos de fondo sedimentarios en ambientes extremos evaporativos que pueden ser similares a los que existieron en la Tierra primitiva y más allá.