Los bosques subterráneos que se desarrollan en pendientes de piedra invertida en tiankengs kársticos degradados son áreas importantes para la conservación de la biodiversidad, pero los perfiles de la comunidad microbiana no han sido suficientemente caracterizados. Por lo tanto, investigamos las comunidades microbianas del suelo en cuatro sitios (en la parte inferior de la pendiente (BS), en la parte media de la pendiente (MS), en la parte superior de la pendiente (US) y fuera del tiankeng (OT)) en el tiankeng de Shenxiantang. Los filos dominantes en la pendiente de piedra invertida fueron Proteobacteria, Actinobacteria y Acidobacteria, y la abundancia relativa fue diferente en las distintas posiciones de la pendiente. El índice de diversidad de Shannon-Wiener de la comunidad microbiana fue significativamente mayor para el sitio US que para los sitios MS o BS. Las rutas funcionales de metabolismo (incluido el ciclo C/N) fueron más abundantes en el sitio BS. El nitrógeno total y el pH fueron los factores dominantes en la determinación de la distribución de la comunidad microbiana a lo largo de una pendiente de piedra invertida. Estos resultados sugieren que la heterogeneidad topográfica puede influir en las variaciones en la estructura, diversidad y función microbiana del suelo en tiankengs kársticos degradados y enfatizan el valor ecológico de las pendientes de piedra invertida dentro de los tiankengs kársticos.