Las comunidades fúngicas en el rizoplano (RP) y la rizósfera (RS) de hábitats geográficamente aislados en diferentes entornos, como océano (Seodo, las Islas Dokdo), costa (Sadong, Isla Ulleungdo) y regiones interiores (Taeha, Isla Ulleungdo), fueron analizadas mediante secuenciación MiSeq. En total, se obtuvieron 1279 unidades taxonómicas operativas (OTUs) que se clasificaron en 185 géneros pertenecientes a cinco filos. El número total de taxones fúngicos en las muestras de RP fue menor que en las muestras de RS en todos los lugares muestreados, lo que indica la existencia de un cierto nivel de presiones selectivas por parte de la planta huésped. La riqueza de la RP en las Islas Dokdo fue mayor que la de la Isla Ulleungdo, pero la riqueza de la RS en las Islas Dokdo fue menor que la de la Isla Ulleungdo. Estos resultados sugieren evidencia de fuertes efectos de un geo-clima severo sobre las diversidades fúngicas de RP y RS en las Islas Dokdo. Además, se identificaron un total de 82 géneros fúngicos en las tres muestras de RP y 63 géneros (77%) se encontraron exclusivamente en cada una de las regiones geográficas, y 43 géneros (52.4%) mostraron alta dependencia de la vegetación. Se encontró que el género era el taxón más dominante en todas las muestras. El aislamiento geo-ecológico de la campanilla coreana puede haber causado una formación única de las comunidades fúngicas de RP y RS en los hábitats naturales.