La región del Altiplano-Puna es una meseta de gran altitud en América del Sur caracterizada por condiciones extremas, incluida la mayor incidencia de UV en la Tierra. La Laguna Negra es un lago hipersalino ubicado en la provincia de Catamarca, en el noroeste de Argentina, donde se encuentran estromatolitos y otros microbiólitos, y donde la vida está mayormente restringida a alfombrillas microbianas. En este estudio, se exploró una alfombrilla microbiana particular que cubre la orilla del lago, para desentrañar su estructura vertical capa por capa en respuesta a los estresores ambientales presentes. La composición de la comunidad microbiana se evaluó mediante secuenciación de genes 16S rRNA de alto rendimiento y análisis de contenido de pigmentos, complementados con herramientas de microscopía para caracterizar su disposición espacial dentro de la alfombrilla. La capa superior de la alfombrilla tiene una notable característica de tolerancia a la UV, caracterizada por la presencia de Deinococcus-Thermus y deinoxantina, lo que podría reflejar una estrategia de protección para hacer frente a la alta radiación UV. Chloroflexi y Deltaproteobacteria fueron abundantes en la segunda y tercera capas subyacentes, respectivamente. La capa inferior alberga abundantes Halanaerobiaeota. Se observaron agregados subsféricos compuestos de calcita, sustancias poliméricas extracelulares, diatomeas abundantes y otros microorganismos a lo largo de la alfombrilla como el principal componente estructural. Este estudio detallado proporciona información sobre las estrategias de las comunidades microbianas para prosperar bajo alta radiación UV e hipersalinidad en lagos de gran altitud en la región del Altiplano-Puna.