Este estudio presenta las comunidades de cocolitóforos vivos y la variabilidad morfológica en el Mar Egeo del Sur a partir de tres regiones de muestreo durante el invierno-principio de primavera (marzo de 2017, marzo de 2019) y el verano (agosto de 2019). Se hace hincapié en marzo de 2017 para monitorear las variaciones en los ensamblajes de cocolitóforos después de un evento excepcionalmente frío en diciembre de 2016, que resultó en la producción de aguas densas que ventilaban las cuencas profundas del Egeo. Los ensamblajes mostraron una estacionalidad distinta con la predominancia de y durante el invierno-principio de primavera, asociada con la mezcla de la columna de agua. En contraste, los ensamblajes de verano se caracterizaron por holococolitóforos y taxones típicos de aguas superiores cálidas y oligotróficas. Parece que la sucesión fitoplanctónica, así como el suministro de nutrientes a las capas eufóticas superiores, se vieron afectados por la perturbación de la columna de agua durante el invierno extremo de 2016-2017, lo que llevó a una fuerte mezcla convectiva y formación de aguas densas. Las densidades de cocolitos disminuidas durante marzo de 2017, acompañadas por la notable presencia de diatomeas, estaban probablemente asociadas con una floración prolongada de diatomeas, causando un retraso en el desarrollo de la comunidad de cocolitóforos y resultando en un entorno limitado en nitrógeno. La morfometría mostró la tendencia de calcificación estacional característica del Egeo, con la dominancia de cocolitos más pequeños en verano y un aumento en la longitud y el ancho de los cocolitos durante la temporada fría. Las intensas condiciones de frío y la mezcla inducida por el viento durante el invierno de 2016-2017 posiblemente aumentaron la absorción de CO atmosférico en las aguas superficiales, causando un aumento de la acidez y la posterior presencia de cocolitos grabados/subcalcificados y otros taxones, lo que probablemente implica disolución in situ de calcita.