La compensación de carbono puede guiar las actividades humanas en la reducción de emisiones de carbono o en el aumento de la captura de carbono y también representa un enfoque importante para coordinar el desarrollo regional. En este documento, se seleccionó al Municipio de Chongqing, cuyo desarrollo interno es variado, como un estudio de caso. Las emisiones anuales de carbono, la captura de carbono, los déficits de carbono y los costos de compensación de carbono interregionales desde 2000 hasta 2021 se estimaron continuamente a través de métodos de optimización local, y se propuso un esquema de zonificación de compensación de carbono que integra la situación actual y el análisis de tendencias. Los resultados muestran que (1) las emisiones totales de carbono de Chongqing fueron mayores que la captura total de carbono, y el déficit de carbono fue aproximadamente de 556.24 x 10^4 t a 3621.58 x 10^4 t. (2) Los presupuestos de carbono a nivel de condado tienen grandes diferencias regionales; los condados que siempre deberían recibir compensación de carbono son de las regiones sureste y noreste, y los condados que siempre deberían pagar compensación de carbono son de las áreas urbanas centrales y las nuevas áreas urbanas circundantes. (3) Todos los condados fueron zonificados en áreas de pago clave, áreas de pago básicas, áreas de recepción clave y áreas de recepción básicas. Las áreas de pago clave, que representan el 39.47%, mantienen y aumentan su estado de pago y son las principales fuentes de costos de compensación de carbono, mientras que las áreas de recepción clave, que representan el 44.74%, mantuvieron un estado de compensación negativo y una tendencia continua a la baja, lo que significa que pueden recibir costos de compensación de carbono en aumento. Este documento reveló inequidades en la compensación de carbono y propuso una nueva solución de zonificación, que puede proporcionar una referencia científica y apoyo de datos para establecer mecanismos de compensación de carbono interregionales.