Los ecosistemas marino-costeros son hábitats productivos y valiosos en todo el mundo debido a sus importantes contribuciones al bienestar humano. Sin embargo, las actividades humanas, la planificación territorial limitada y la demanda y consumo insostenibles de bienes y servicios naturales ejercen presión sobre los ecosistemas marino-costeros. En este sentido, la planificación marino-costera es una herramienta de gestión para contrarrestar estas fuerzas, ya que gestiona diferentes actividades humanas en la costa y en los océanos a lo largo del espacio y el tiempo, fortaleciendo el desarrollo político, social y turístico y la economía del territorio. Nuestro objetivo es proponer estrategias de planificación espacial marino-costera a través de un enfoque basado en ecosistemas para la asignación de un área de conservación de zona de manglares y estuarinos. La metodología del estudio es: (i) Compilación de información del área de estudio con énfasis en regulaciones y áreas protegidas. (ii) Análisis de las relaciones humanas con los ecosistemas marino-costeros. (iii) Mapeo y zonificación del área de conservación. (iv) Análisis de la matriz de fortalezas, debilidades, oportunidades y amenazas (SWOT-TWOS) para recomendar estrategias y garantizar la viabilidad de la protección marino-costera. Los resultados muestran mapas de zonificación del sector propuesto como área de conservación que comprende manglares y una zona estuarina. También se abordan estrategias de gobernanza o medidas de gestión de conservación y protección del espacio marino-costero. Finalmente, como recomendación, proponemos mejoras a las ordenanzas municipales actuales, garantizando la gestión y protección del área de estudio y promoviendo logros en el desarrollo integral de la planificación del uso del suelo.