Las encuestas de aves acuáticas, especialmente para las aves acuáticas en peligro que viven en humedales, son esenciales para proteger a estas aves y crear un escenario de gestión de sus hábitats. Los vehículos aéreos no tripulados (VANT) son herramientas nuevas y poderosas para las encuestas de aves acuáticas. En este documento, proponemos un método para una encuesta de hábitat y otro para una encuesta de distribución de especies de aves acuáticas. El método de encuesta de hábitat obtuvo el hábitat y la distribución espacial de las aves acuáticas con un plan de vuelo automático de VANT en el área de agregación. La encuesta de distribución de especies de aves acuáticas se utilizó para detectar e identificar especies de aves acuáticas con imágenes de alta resolución espacial a partir de un plan de vuelo gratuito de VANT en el área de agregación o en áreas donde se sospechaba que estaban presentes individuos. Los datos basados en VANT mostraron no solo el área donde se encontraron las aves acuáticas, sino también encuestas adicionales en el terreno. Los resultados mostraron que las especies y ubicaciones de las aves acuáticas se registraron de manera más precisa y eficiente utilizando el método de distribución basado en las imágenes del VANT. El tipo de hábitat de las aves acuáticas y el número de aves acuáticas se obtuvieron en detalle utilizando el método de encuesta de hábitat. Los conteos de aves acuáticas derivados de VANT fueron mayores (+37%) que los conteos en el terreno. Los resultados indicaron la viabilidad y las ventajas de utilizar una encuesta de VANT de bajo costo para grandes aves acuáticas en regiones de humedales con vegetación compleja. Este estudio proporciona un caso de estudio sobre el número de grandes aves acuáticas y encuestas de hábitat. Los métodos basados en VANT también ofrecen una forma factible y científica de obtener datos básicos para la protección y gestión de las aves acuáticas.