Los ríos intermitentes y los arroyos efímeros (IRES) están siendo estudiados cada vez más debido a su biodiversidad acuática y terrestre a menudo única, los procesos biogeoquímicos y los servicios ecosistémicos asociados. Este estudio es el primero en examinar la variabilidad hidrológica, fisicoquímica y taxonómica durante la transición seca-húmeda de un río intermitente en la Zona Mediterránea Chilena. Basado en 30 años de datos de monitoreo de ríos y la herramienta TREHS, se caracterizó la hidrología del río. En general, el río muestra una reducción significativa en el caudal (-0.031 m/s por año) y un aumento sustancial de días sin flujo (+3.5 días por año). Durante la transición de estados hidrológicos, se observaron variaciones en las condiciones ambientales y en las comunidades de invertebrados. Durante la fase de secado, la abundancia, riqueza y diversidad fueron más altas, mientras que la rotación de especies fue mayor durante las condiciones de flujo base. Las charcas desconectadas y las fases de reanudación del flujo se caracterizaron por altas proporciones de taxones lóticos y no insectos, como las especies endémicas de bivalvos, gasterópodos y crustáceos, destacando la relevancia de las charcas desconectadas como refugios. Se espera que los futuros escenarios de cambio climático impacten aún más la hidrología de los IRES, lo que podría resultar en la pérdida de biodiversidad. Los programas de biomonitoreo y conservación deberían reconocer estos importantes ecosistemas.