La estructura de las bacterias endofíticas es importante para la salud de las plantas y la tolerancia al estrés, pero se sabe poco sobre los impactos de los sistemas agrícolas en los cambios temporales en la diversidad de bacterias endofíticas. En este estudio, investigamos el microbioma endofítico en las raíces de arroz bajo sistemas de cultivo orgánico y convencional en las etapas de plántula y macollamiento durante dos temporadas de cultivo consecutivas utilizando secuenciación del gen 16S ARNr. Aunque la composición del microbioma fue significativamente influenciada por un sistema de manejo de campo, la etapa de crecimiento y la interacción entre ambos factores, la etapa de crecimiento por sí sola explicó más del 40% de la varianza. El pH del suelo y el contenido de materia orgánica también influenciaron parcialmente la composición de la comunidad bacteriana endofítica. Además, a través del análisis de especies indicadoras y los perfiles funcionales predichos por el análisis filogenético, revelamos la fuerza selectiva de las raíces de arroz en la etapa de macollamiento para reclutar endófitos, que son beneficiosos para el crecimiento de las plantas. En resumen, nuestros datos muestran que la dinámica de la composición bacteriana de las raíces de arroz está principalmente influenciada por la etapa de crecimiento de la planta. Nuestros hallazgos ofrecen nuevas ideas sobre el control del microbioma de las raíces por las plantas hospederas y la influencia de los sistemas agrícolas.