El objetivo de este estudio fue la identificación de regiones genómicas candidatas asociadas con el diámetro de la fibra en alpacas. Se recolectaron muestras de ADN de 1011 alpacas hembras Huacaya de dos regiones geográficas andinas en Perú (Pasco y Puno), y de tres granjas de alpacas dentro de cada región. Las muestras fueron genotipadas utilizando un array de genotipado personalizado de Affymetrix que contiene 76,508 SNPs. Después de los controles de calidad, se retuvieron 960 muestras y 51,742 SNPs. Se realizaron tres metodologías de estudio de asociación. El GWAS basado en un modelo lineal nos permitió identificar 11 y 35 SNPs (-log(-valores) > 4) utilizando información de todas las alpacas y de alpacas con valores extremos de diámetro de fibra, respectivamente. El método de análisis de haplotipos y marcadores nos permitió identificar nueve haplotipos con heredabilidad de haplotipo estandarizada superior a seis desviaciones estándar. Las firmas de selección basadas en la homocigosidad de haplotipos extendidos de cruce de poblaciones (XP-EHH) nos permitieron identificar 180 SNPs con valores de XP-EHH mayores que |3|. Cuatro regiones candidatas con SNPs adyacentes identificados a través de dos métodos de análisis de asociación se localizan en VPA6, VPA9, VPA29 y un andamiaje cromosómicamente no asignado. Este estudio representa el primer análisis de asociación del genoma completo de alpaca con el diámetro de la fibra, utilizando un microarray de SNP de alpaca recientemente ensamblado.