Este estudio es el primero en realizar un estudio de asociación del genoma completo (GWAS) para investigar los rasgos de calidad de la leche en cabras Karachai. El objetivo del estudio fue identificar genes candidatos asociados con los rasgos de composición de la leche basándose en la identificación y posterior análisis de todos los SNPs posibles, tanto a nivel del genoma (alta confianza) como sugerentes (significancia subumbral). Para estimar los componentes de la leche, se determinaron 22 rasgos, incluyendo varios tipos de ácidos grasos. El ADN se extrajo de tejido de oreja o muestras de sangre. Un total de 167 cabras Karachai fueron genotipadas utilizando un panel de BeadChip Illumina GoatSNP53K (Illumina Inc., San Diego, CA, EE. UU.). En general, identificamos 167 SNPs altamente significativos y subumbral asociados con los componentes de la leche de las cabras Karachai. Un total de 10 SNPs se localizaron dentro de genes codificadores de proteínas y 33 SNPs en estrecha proximidad a ellos (+/-0.2 Mb). El mayor número de SNPs significativos a nivel del genoma se encontró en los cromosomas 2 y 8 y algunos de ellos estaban asociados con varios rasgos. El mayor número de SNPs significativos a nivel del genoma se identificó para la proteína cruda y la lactosa (6), y el menor número, solo 1 SNP, para la depresión del punto de congelación. No se identificaron SNPs para ácidos grasos monoinsaturados y poliinsaturados. La anotación funcional de los 43 SNPs nos permitió identificar 66 genes candidatos significativos en los cromosomas 1, 2, 3, 4, 5, 8, 10, 13, 16, 18, 21, 23, 25, 26 y 27. Consideramos estos genes como posibles marcadores de ADN de la composición de ácidos grasos de la leche de cabra Karachai. Además, encontramos 12 genes que tenían un efecto poligénico: la mayoría de ellos estaban simultáneamente asociados con el contenido de materia seca y ácidos grasos (METTL, SLC1A 8, PHACTR1, FMO2, ECI1, PGP, ABCA3, AMDHD2). Nuestros resultados sugieren que los genes identificados en nuestro estudio que afectan los componentes de la leche en cabras Karachai difieren de los identificados en otras razas de cabras lecheras.