Manipular el mecanismo fotoprotector ha demostrado ser una forma efectiva de mejorar la productividad fotosintética de las plantas de cultivo. NPQ(T) es un parámetro de fluorescencia de la clorofila para la estimación rápida y la imagen del apagamiento no fotoquímico (NPQ) de los excitones en el mecanismo fotoprotector. Sin embargo, la variación y base genética de NPQ(T) rara vez se informan en el L. En este estudio, recopilamos 173 cultivares de arroz e investigamos el valor de NPQ(T). Descubrimos que NPQ(T) tiene una amplia variación, aunque no había sido seleccionado en las diferentes subespecies. Un estudio de asociación de genoma completo (GWAS) utilizando 1,566,981 SNPs de alta calidad identificó tres señales asociadas significativas en los cromosomas 02, 05 y 07. Además, un probable gen candidato, subyacente a la señal asociada en el cromosoma 02, fue descubierto identificando el patrón de expresión en las hojas de bandera y probando la correlación entre polimorfismos funcionales y variación fenotípica. Los SNPs significativos y los genes candidatos identificados en este estudio nos brindan una comprensión integral de la arquitectura genética de NPQ(T) y podrían ser utilizados para la mejora genética de la fotoprotección del arroz.