Los rasgos agronómicos de la soja son importantes porque están directa o indirectamente relacionados con su rendimiento. La soja cultivada (Glycine max (L.) Merr) ha perdido diversidad genética durante la domesticación y la cría selectiva. Sin embargo, la soja silvestre (Glycine soja) representa un material de cría útil porque tiene un pool genético diverso. En este estudio, se emplearon un total de 96,432 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) en 203 accesiones de soja silvestre de la matriz de SNPs de soja Axiom 180K en el análisis de asociación. Las accesiones de soja silvestre se dividieron en cuatro grupos basados en su distancia genética utilizando ADMIXTURE, análisis de componentes principales y grupos de unión de vecinos. El desequilibrio de ligamiento decayó rápidamente en la soja silvestre. Se realizó un estudio de asociación a nivel genómico para los días a la floración (DtF), días a la madurez (DtM), el número de vainas (NoP) y el peso de 100 semillas (100SW), que son rasgos agronómicos importantes para las accesiones de soja silvestre. Se encontraron un total de 22 SNPs significativos asociados con DtF, DtM y el 100SW. Basándose en los marcadores de SNPs detectados, , un gen relacionado con DtF, , un gen relacionado con DtM, y , un gen relacionado con el 100SW, fueron seleccionados como genes candidatos. Se espera que los marcadores de SNPs relacionados con rasgos agronómicos identificados en este estudio ayuden a mejorar la calidad de los cultivares de soja a través de la cría selectiva.