Como enfermedad devastadora del trigo, la fusariosis de la espiga (FHB) causa grandes pérdidas en rendimiento y calidad. El propósito de este estudio fue detectar los loci genéticos para la resistencia a FHB basados en un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) utilizando dos paneles genotipados por el arreglo de SNP Wheat 660 K y el arreglo de SNP Wheat 90 K. Los resultados de la investigación fenotípica mostraron que el 43.6-51.6% de las variedades de prueba mostraron un tipo de infección de más de 3, lo que indica que se requería urgentemente una mejora sustancial en el nivel de resistencia. GWAS detectó 1264 SNP asociados con la respuesta a FHB distribuidos en todos los cromosomas de trigo. Catorce QTL fueron detectados de manera estable en dos ambientes. (582.9~607.9 Mb en el cromosoma 1B) y (577.9~596.5 Mb en 5A) fueron dos loci de resistencia novedosos detectados en dos paneles de trigo. El análisis de haplotipos de ambos y señaló que las variedades con y tuvieron consistentemente menos FHB que las variedades que llevaban uno o ningún QTL de resistencia. La frecuencia de aplicación de los alelos resistentes a FHB gFHB-1B y gFHB-5A mostró una tendencia gradualmente decreciente en la cría de resistencia a FHB. Este estudio identificó nuevos loci genéticos para el control de FHB y proporciona información útil para la selección asistida por marcadores en la resistencia a FHB en trigo.