El arroz (Oryza sativa) es la principal fuente de energía para los humanos y un alimento básico de gran importancia cultural para gran parte de la población mundial. El arroz con almidón altamente resistente (AR) es beneficioso para la salud y puede reducir el riesgo de enfermedades, especialmente la diabetes tipo II. La identificación de loci que afectan las propiedades del almidón facilitará la crianza de arroz de alta calidad y que apoye la salud. Se utilizó un estudio de asociación del genoma completo (GWAS) de 230 cultivares de arroz para identificar loci candidatos que afectan las propiedades del almidón. El contenido aparente de amilopectina (CAA) entre los cultivares de arroz varió del 7.04 al 33.06%, y el CAA se correlacionó positivamente con el AR (R = 0.94) y negativamente con la glucosa rápidamente disponible (GRD) (R = -0.73). Se detectaron tres loci responsables de las propiedades del almidón en los cromosomas 1, 6 y 11. En el cromosoma 6, el SNP más significativo correspondió a un gen que codifica la sintasa de almidón unida a gránulos I (GBSSI) o sintasa de almidón. Se identificaron dos loci novedosos asociados con rasgos de almidón que codifican una proteína desconocida y un intercambiador de sodio/calcio, respectivamente. Los marcadores asociados con GBSSI se probaron en dos conjuntos independientes de poblaciones de arroz para confirmar su efecto en las propiedades del almidón. La identificación de genes asociados con rasgos de almidón profundizará la comprensión de los mecanismos moleculares que afectan el almidón en el arroz y puede ser útil en la selección de variedades de arroz con almidón mejorado.