Los burros desempeñan un papel fundamental como ganado esencial en regiones áridas y semiáridas, sirviendo para diversos propósitos como el transporte, la agricultura y la producción de leche. A pesar de su importancia, la cría de burros a menudo ha sido pasada por alto en comparación con otras especies de ganado, lo que ha resultado en programas limitados de mejora genética. Preservar los recursos genéticos de los burros dentro de cada país requiere el establecimiento de programas de conservación de razas, centrados en la gestión de la diversidad genética entre poblaciones. En los últimos años, se han logrado avances significativos en la secuenciación y análisis de moléculas completas de ADN mitocondrial (ADNmt) en burros. Notablemente, numerosos estudios se han centrado en la región D-loop mitocondrial, conocida por su notable variabilidad y mayor tasa de sustitución dentro del genoma del ADNmt, lo que la convierte en un marcador genético efectivo para evaluar la diversidad genética en burros. Además, los marcadores genéticos a nivel de ARN/ADN han surgido como herramientas indispensables para mejorar los rasgos de producción y reproducción en burros. Los enfoques tradicionales de cría de animales basados únicamente en rasgos fenotípicos, como los rendimientos de leche, el peso y la altura, están influenciados tanto por factores genéticos como ambientales. Para superar estos desafíos, los marcadores genéticos, como los polimorfismos, InDel o secuencias de genes completas asociadas con rasgos deseables en los animales, han logrado un uso generalizado en las prácticas de cría de animales. Estos marcadores han demostrado ser cada vez más valiosos para facilitar la selección de rasgos productivos y reproductivos en burros. Esta revisión integral examina la investigación de vanguardia sobre el ADN mitocondrial como herramienta para evaluar la biodiversidad de los burros. Además, destaca el papel de los marcadores genéticos a nivel de ADN/ARN, que permiten la selección informada de rasgos óptimos de producción y reproducción en burros, impulsando así los avances en la conservación genética y los programas de cría de burros.