Aparte de dos muestras recolectadas hace casi 50 años, se sabe poco sobre la composición microbiana de los llanos de mareas eólicos en la hipersalina Laguna Madre, Texas. Estos tapices representan aproximadamente el 42% del área de la laguna. Estas comunidades microbianas fueron muestreadas en cuatro ubicaciones que históricamente tenían tapices en la Laguna Madre, incluyendo la Estación de Campo Laguna Madre (LMFS), la Bahía Nighthawk (NH) y dos ubicaciones en el Rancho Kenedy (KRN y KRS). La secuenciación de amplicones de genes 16S determinó la presencia de 51 filos procariotas dominados por Bacteroidota, Chloroflexi, Cyanobacteria, Desulfobacteria, Firmicutes, Halobacteria y Proteobacteria. La estructura de la comunidad microbiana de NH y KR es significativamente diferente a la de LMFS, en la que Bacteroidota y Proteobacteria eran los más abundantes. Se identificaron veintitrés taxones cianobacterianos mediante análisis genómico, mientras que se identificaron 45 taxones cianobacterianos utilizando análisis morfológico, que contenían grandes formas filamentosas en la superficie y formas filamentosas y coccóides más pequeñas y móviles en las capas de tapiz subsuperficiales. Los sitios de muestreo estaban dominados por especies de Oscillatoriaceae y Coleofasciculaceae. La mayoría de las secuencias cianobacterianas (aproximadamente el 35%) no pudieron ser asignadas a ningún taxón establecido a nivel de familia/género, dada la limitada información sobre cianobacterias hipersalinas. Se identificaron un total de 73 metabolitos bioactivos cianobacterianos utilizando análisis de cromatografía líquida de ultra rendimiento-MS Orbitrap de estas comunidades. La Laguna Madre parece única en comparación con otras sabkhas en términos de su microbiología.