La divergencia del genoma por proliferación y/o pérdida de repeticiones es un proceso que juega un papel crucial en la evolución de las especies. Sin embargo, el conocimiento sobre la variabilidad relacionada con la proliferación de repeticiones entre especies de la misma familia sigue siendo limitado. Considerando la importancia de la familia Asteraceae, aquí presentamos una primera contribución hacia el metarepeatoma de cinco especies de Asteraceae. Se obtuvo una imagen completa de los componentes repetitivos de todos los genomas mediante el análisis de secuencias de Illumina y al analizar un conjunto de retrotransposones de repeticiones terminales largas (LTR-REs) de longitud completa. El análisis permitió estimar la abundancia y variabilidad de los componentes repetitivos. La estructura del metagenoma de las especies seleccionadas estaba compuesta por un 67% de secuencias repetitivas, de las cuales los LTR-REs representaban la mayor parte de los clústeres anotados. Las especies compartían esencialmente secuencias de ADN ribosómico, mientras que las otras clases de ADN repetitivo eran altamente variables entre especies. El conjunto de LTR-REs de longitud completa fue recuperado de todas las especies y se estableció su edad de inserción, mostrando varios picos de proliferación específicos de linaje en los últimos 15 millones de años. En general, se observó una gran variabilidad en la abundancia de repeticiones a niveles de superfamilia, linaje y sublinaje, lo que indica que las repeticiones dentro de los genomas individuales siguieron diferentes dinámicas evolutivas y temporales, y que diferentes eventos de amplificación o pérdida de estas secuencias pueden haber ocurrido después de la diferenciación de las especies.