Este estudio utiliza la implementación de la política de compensación de cuencas como un experimento cuasi-natural y selecciona una muestra de 53 ciudades ubicadas dentro de las cuatro principales cuencas desde 2005 hasta 2022. Al emplear un modelo de diferencias en diferencias escalonadas y un modelo de control sintético de diferencias en diferencias, el estudio investiga cómo las políticas de compensación de cuencas influyen en los ecosistemas de innovación en tecnología verde y profundiza en los mecanismos subyacentes responsables de estos impactos. La investigación revela los siguientes hallazgos: (1) La introducción de la política de compensación de cuencas impulsa notablemente el desarrollo de ecosistemas de innovación en tecnología verde en las ciudades piloto, y este hallazgo se mantiene consistente tras una serie de pruebas de robustez. (2) Un análisis de los mecanismos indica que la política de compensación de cuencas ejerce su impacto en el avance de los ecosistemas de innovación en tecnología verde a través de una reducción en la intensidad de emisiones de carbono y la mejora de la eficiencia en el tratamiento de aguas residuales. (3) La influencia de la política de compensación de cuencas en los ecosistemas de innovación en tecnología verde varía según el nivel de gasto público y la productividad laboral. Esta investigación ofrece una base fáctica para comprender los efectos de las políticas de compensación de cuencas en la innovación de tecnologías verdes en China.