La papa es uno de los cultivos alimentarios más importantes del mundo. Mejorar la eficiencia de la cría de papas es de gran importancia para resolver el problema alimentario global. Hoy en día, los investigadores distinguen entre seis tipos de citoesqueleto de papa: A, M, P, T, W, D. En el estudio actual, se secuenciaron los genomas completos de cloroplastos de accesiones con cinco de los seis principales tipos de genomas citoesqueléticos (genomas T-, W-, D-, A- y P-). Se llevó a cabo un análisis comparativo de los plastomas en accesiones de papa con diferentes tipos de citoesqueleto por primera vez. Se estimó el tiempo de origen de los diferentes tipos de citoesqueleto. Se confirmó la presencia de dos grupos principales de genomas de cloroplastos entre las papas cultivadas. Basado en el análisis filogenético de las secuencias completas de plastoma, se pueden distinguir cinco ramas evolutivas principales de genomas de cloroplastos dentro de la sección Petota. Las muestras con citoesqueleto A- y P- formaron grupos aislados y distantes dentro de un gran grupo polimórfico de muestras con citoesqueleto tipo M, sugiriendo que los genomas A y P surgieron de manera independiente. Los hallazgos sugieren que la diversidad del genoma T en el Grupo Tuberosum podría ser inicialmente baja debido a un cuello de botella que ya existía en el origen del clado chileno. Las diferencias en la secuencia de genes pueden ser uno de los factores que causan diferencias en rasgos económicamente importantes en especies con citoesqueleto A y T. Los datos obtenidos contribuirán al desarrollo de métodos para el marcado molecular de tipos de citoesqueleto y aumentarán el conocimiento sobre la evolución y diversidad de la papa.