Al final del desarrollo fetal intrauterino de los mamíferos, debe producirse un cambio rápido del metabolismo glucolítico al metabolismo oxidativo. Utilizando técnicas de microarreglos, qPCR, actividades enzimáticas y mediciones del contenido de coenzima Q, describimos la aceleración del metabolismo mitocondrial perinatal en el hígado y el músculo esquelético de ratas durante el período perinatal y correlacionamos los resultados con los de los humanos. De 1546 genes mitocondriales, encontramos cambios significativos en la expresión en 1119 y 827 genes en el hígado y el músculo esquelético de ratas, respectivamente. El cambio de expresión más notable ocurrió en el hígado de la rata al menos dos días antes del nacimiento. La evaluación basada en coenzima Q en tanto el modelo de rata como en tejidos humanos mostró la misma tendencia: el contenido total de CoQ es bajo prenatalmente, aumentando significativamente después del nacimiento tanto en el hígado como en el músculo esquelético. Proponemos que un regulador importante de la biosíntesis de coenzima Q en ratas podría ser COQ8A, una quinasa atípica involucrada en la biosíntesis de coenzima Q. Nuestros datos de microarreglos, un total de 16,557 genes RefSeq (Entrez), han sido depositados en el Gene Expression Omnibus de NCBI y están disponibles de forma gratuita para la amplia comunidad científica. Nuestros datos de microarreglos podrían servir como un fondo adecuado para encontrar factores clave que regulen el metabolismo mitocondrial y la preparación del feto para la transición a condiciones extrauterinas.