Los reservorios terminales de los proyectos de transferencia de agua suministran directamente agua para aplicaciones domésticas, agrícolas e industriales, y la calidad del agua de estos reservorios produce efectos cruciales en el logro de los objetivos del proyecto. Típicamente, los ensamblajes de peces se monitorean como indicadores de la calidad del agua del reservorio, y también se pueden regular para su mejora. En el presente estudio, comparamos los métodos de captura tradicional de peces (TFL) y de metabarcoding de ADN ambiental (eDNA) para monitorear los ensamblajes de peces en tres reservorios terminales de la Ruta Este del Proyecto de Transferencia de Agua del Sur al Norte, China. Los resultados de TFL y eDNA mostraron estructuras de ensamblaje y patrones de diversidad y distribución espacial similares, con diferencias obvias en la composición de peces entre los tres reservorios examinados. Los peces demersales y pequeños fueron dominantes en todos los reservorios. Además, se encontró una fuerte asociación entre la distancia de transferencia de agua y los ensamblajes y la distribución de peces no nativos. Nuestros hallazgos destacan la necesidad de monitorear y gestionar los ensamblajes de peces para la calidad del agua y revelaron el impacto de la distancia de desvío de agua en la estructura de los ensamblajes de peces y la dispersión de especies exóticas a lo largo del proyecto de transferencia de agua.