En el sur de China, los brotes frescos de colza se utilizan como una verdura de temporada de alta calidad debido a su agradable sabor. En este estudio, investigamos el sabor y la calidad de los brotes frescos de Fanmingyoutai, que se derivaron de WH23 por mutación Co. WH23 se utilizó como control (CK). Se estudiaron índices fisiológicos, análisis de transcriptoma y análisis de metabolómica entre Fanmingyoutai y CK, y se identificaron los genes diferenciales clave relacionados. Los resultados mostraron que el contenido de glucosinolatos de las semillas de Fanmingyoutai era un 51,14% menor que el de CK, y los contenidos de azúcar soluble y vitamina C en los brotes frescos de Fanmingyoutai eran 2,1 veces y 1,4 veces más altos, respectivamente, que en CK. Mediante análisis de transcriptoma, identificamos que los genes diferenciales estaban involucrados en la biosíntesis y metabolismo de glúcidos, metabolismo energético, metabolismo de carbohidratos y el metabolismo de cofactores y vitaminas. Los análisis de metabolómica demostraron que los contenidos de sacarosa y D-fructosa en los brotes frescos de Fanmingyoutai eran 1,22 veces y 1,15 veces más altos, respectivamente, que en CK. Mediante análisis de qRT-PCR, la expresión de , , y en los brotes frescos y hojas de Fanmingyoutai era dos veces mayor que en CK. (involucrado en la producción y transporte de azúcar), (involucrado en el transporte de monosacáridos) y (involucrado en la acumulación de glucosinolatos) pueden ser los genes funcionales clave. Concluimos que el bajo contenido de glucosinolatos y los altos contenidos de sacarosa y D-fructosa pueden ser los principales factores que afectan el sabor de los brotes frescos de Fanmingyoutai y CK; , , y pueden ser los genes relacionados clave. Esta investigación proporciona una referencia para la cría y los mecanismos moleculares de nuevas variedades comestibles de colza.