La selección es una parte fundamental del proceso de mejoramiento de plantas, permitiendo la identificación y desarrollo de variedades con características deseables. Gracias a los avances en genética y biotecnología, el proceso de selección se ha vuelto más preciso y eficiente, resultando en un progreso de mejoramiento más rápido y una mejor adaptación de los cultivos a los desafíos ambientales. Los parámetros genéticos relacionados con la aditividad de genes y la epistasis juegan un papel clave y pueden influir en las decisiones sobre la idoneidad del material de mejoramiento. En este estudio, se evaluaron 188 líneas haploides dobles de colza en condiciones de campo para resistencia a spp. A través de la secuenciación de nueva generación, se obtuvieron un total de 133,764 marcadores moleculares (96,121 SilicoDArT y 37,643 SNP). Se calculó la similitud de las líneas DH a niveles fenotípico y genético. Los resultados indican que la similitud a nivel fenotípico era marcadamente diferente de la similitud a nivel genético. Se calcularon los parámetros genéticos relacionados con los efectos de acción de genes aditivos y la epistasis (doble y triple) utilizando dos métodos: basados únicamente en observaciones fenotípicas y utilizando observaciones de marcadores moleculares. Todos los parámetros genéticos evaluados (aditivo, aditivo-aditivo y aditivo-aditivo-aditivo) fueron estadísticamente significativos para ambos métodos de estimación. Los parámetros asociados con la interacción (doble y triple) tuvieron signos opuestos dependiendo del método de estimación.