La agricultura moderna ha aumentado la producción de alimentos basada en el uso de pesticidas y fertilizantes y en la mejora de variedades de plantas. Sin embargo, el impacto de algunas de estas tecnologías es alto y no sostenible a largo plazo. Aunque la importancia de las rizosferas en el rendimiento final de las plantas, el ciclo de nutrientes y los ecosistemas es bien reconocida, todavía hay una falta de información sobre las interacciones de sus principales actores. En este trabajo, se estudian cuatro accesiones de pimiento a nivel de rizosfera y raíz bajo dos sistemas de cultivo: orgánico y convencional. Se presentan variaciones en las características del suelo, como la respiración inducida, las actividades enzimáticas, los recuentos microbianos y el metabolismo del nitrógeno en la rizosfera y el suelo a granel, así como medidas de morfología de raíces y producción de plantas. Los resultados mostraron diferencias en los rasgos evaluados entre el manejo orgánico y convencional, tanto a nivel de rizosfera como de suelo a granel. La agricultura orgánica mostró recuentos microbianos más altos, actividades enzimáticas y movilización de nitrógeno. Nuestros resultados también mostraron cómo algunos genotipos, como Serrano o Piquillo, modificaron las propiedades de las rizosferas de una manera muy dependiente del genotipo. Esta especificidad de la interacción suelo-planta debe ser considerada para futuros programas de mejoramiento para una agricultura adaptada al suelo.