La respiración cutánea es uno de los patrones de respiración aérea en los peces de respiración bimodal, mientras que se sabe poco sobre sus mecanismos de formación subyacentes. Aquí, primero investigamos la regeneración de la piel de la anguila (un pez de respiración cutánea) y del pez gato amarillo (un pez de respiración acuática) a través de observaciones morfológicas e histológicas. Luego, se recolectaron las pieles originales (OS: MOS, POS) y las pieles regeneradas (RS: MRS, PRS) cuando sus capilares eran más abundantes (la base estructural de la respiración aérea en los peces) durante la curación, de las dos especies de peces para un RNA-seq de alto rendimiento. Se ensamblaron un total de 56,054 unigenes y 53,731 unigenes en la anguila y el pez gato amarillo, respectivamente. Se observaron un total de 640 (460 regulados al alza y 180 regulados a la baja) y 4446 (2340 regulados al alza y 2106 regulados a la baja) genes expresados diferencialmente (DEGs) en RS/OS de la anguila y el pez gato amarillo, respectivamente. Posteriormente, los dos conjuntos de datos de DEG se agruparon en las bases de datos GO, KOG y KEGG, y se analizaron más a fondo mediante comparación y selección. En consecuencia, se dirigieron decenas de genes y trece vías clave, lo que indica que estos genes y vías tenían fuertes vínculos con la respiración aérea cutánea en la anguila. Este estudio proporciona nuevas perspectivas sobre el mecanismo de formación de la respiración aérea cutánea y también ofrece una contribución sustancial a los perfiles de expresión génica de la regeneración de la piel en los peces.