Schott es un endémico de los Balcanes de la familia Lamiaceae, valorado por sus propiedades aromáticas y medicinales, pero está amenazado por su distribución natural limitada. La micropropagación ofrece un método sostenible para asegurar la biomasa y proporciona material para estudios químicos. En este trabajo, presentamos el primer perfil de LC-HRMS de extractos (en metanol, acetato de etilo y hexano) obtenidos de plantas nativas y micropropagadas. Se identificaron un total de 29 metabolitos. Se identificó un espectro diverso de metabolitos secundarios, incluidos ácidos fenólicos (ácido gálico monohidratado, ácido vanílico, ácido trans-cinámico), flavonoides (luteolina-7-O-rutinosido, diosmetina-7-O-glucósido, kaempferol-O-rutinosido, eriocitrina) y terpenoides (ácido ursólico, tanshinona I, riligustilida). El análisis reveló que todos los compuestos detectados en plantas nativas también estaban presentes en material micropropagado, demostrando la preservación del perfil fitoquímico característico in vitro. Además, se encontraron varios compuestos, como apigenina, apigenina-7-O-glucurónido, isomaltopaeoniflorina y flavonas metoxiladas, exclusivamente en muestras micropropagadas, lo que indica que el cultivo de tejidos puede aumentar la diversidad química de la especie. Los extractos de acetato de etilo mostraron el mayor grado de superposición entre plantas nativas e in vitro, mientras que los extractos de metanol y hexano contenían un mayor número de metabolitos únicos en material micropropagado. Este primer informe fitoquímico integral destaca la importancia de la micropropagación como una estrategia sostenible para conservar especies raras mientras se asegura una fuente confiable de metabolitos bioactivos.