La gingivostomatitis crónica felina (FCGS) es una enfermedad inflamatoria crónica de las mucosas y las encías en la que la patogénesis sigue siendo incierta. Se implican interacciones entre el proceso inflamatorio del huésped, la respuesta inmune del huésped y el microbioma oral en esta patogénesis. Para comenzar a entender esta enfermedad y el impacto del microbioma en los estados de enfermedad inflamatoria del huésped, recolectamos muestras de biofilm de placa estériles y no invasivas de diez sitios distintos dentro de la cavidad oral en gatos con estomatitis (= 12), gatos sanos (= 9) y gatos con reabsorción dental o periodontitis (= 11). El análisis de secuencias de genes 16S rRNA de longitud completa indicó que los microbiomas de los gatos con FCGS presentaron una marcada disbiosis en múltiples sitios orales. Además, la beta diversidad del microbioma varió con la condición oral, lo que indica que la estomatitis, la periodontitis y/o la reabsorción dental influyen en el microbioma de manera diferente. Por último, encontramos que los microbiomas de los hisopos tomados de la cavidad oral eran comparables a los tomados de la placa utilizando puntos de papel endodóntico, validando esto como otro método de muestreo. En conjunto, nuestro trabajo avanza en nuestra comprensión de la disbiosis y la composición de bacterias en el microbioma oral en FCGS, con la esperanza de contribuir a la prevención, diagnóstico y tratamiento de esta desafiante condición en felinos.