La deficiencia de cobalamina es una secuela común de las enteropatías crónicas (EC) en perros. Los estudios que comparan el microbioma intestinal de perros con EC y deficiencia de cobalamina con aquellos que son normocobalaminémicos son escasos. Por lo tanto, nuestro objetivo fue describir el microbioma fecal en un estudio prospectivo y comparativo que evaluó a 29 perros con EC y deficiencia de cobalamina, 18 perros con EC y normocobalaminemia, y 10 perros sanos de control. Los perros con deficiencia de cobalamina también fueron analizados después de la suplementación oral o parenteral de cobalamina. La composición general del microbioma (diversidad beta) en la línea base fue significativamente diferente en los perros con EC y deficiencia de cobalamina en comparación con aquellos con normocobalaminemia ( = 0.001, R = 0.257) y con los controles sanos ( = 0.001, R = 0.363). Las abundancias de Firmicutes y Actinobacteria se incrementaron significativamente (q = 0.010 y 0.049), mientras que las de Bacteroidetes y Fusobacteria se redujeron significativamente (q = 0.002 y 0.014) en los perros con EC y deficiencia de cobalamina en comparación con los controles sanos. La composición general del microbioma en las muestras de seguimiento siguió siendo significativamente diferente después de 3 meses en ambos perros que recibieron suplementación parenteral (R = 0.420, = 0.013) o suplementación oral de cobalamina (R = 0.251, = 0.007). Dado que la suplementación de cobalamina, en combinación con la terapia adecuada, no logró restaurar la composición del microbioma en los perros de nuestro estudio, es poco probable que la cobalamina sea la causa de esos cambios en el microbioma, sino más bien un indicador de diferencias en la fisiopatología subyacente que no influyen en la gravedad clínica pero que resultan en una agravación significativa de la disbiosis.