Los brotes de dos cepas de la enfermedad hemorrágica del conejo (EHC) (GI.1 y GI.2) en la Península Ibérica han causado pérdidas económicas sustanciales en las granjas comerciales de conejos y han afectado la conservación de depredadores sensibles a los conejos debido al drástico declive de sus poblaciones naturales. Sin embargo, la evaluación del impacto de ambas cepas de EHC en las poblaciones de conejos salvajes se ha limitado a unos pocos estudios a pequeña escala. Se sabe poco sobre el impacto general dentro de su área nativa. En este estudio, describimos y comparamos los efectos de GI.1 y GI.2 a nivel nacional utilizando series temporales de datos de caza ampliamente disponibles en todo el país y comparamos su tendencia durante los primeros ocho años después del primer brote de GI.1 (es decir, 1998) y GI.2 (es decir, 2011), respectivamente. Utilizamos modelos aditivos generalizados gaussianos (GAM) con el número de conejos cazados como variable de respuesta y el año como predictor para evaluar la dinámica temporal no lineal de la población a nivel nacional y regional. El primer GI.1 causó un declive poblacional de alrededor del 53%, afectando a la mayoría de las comunidades regionales españolas donde ocurrió la enfermedad. La tendencia positiva observada después de GI.1 en España terminó con el brote inicial de GI.2, que no pareció causar un declive poblacional nacional. En contraste, encontramos una variabilidad significativa en la tendencia de la población de conejos entre las comunidades regionales, donde algunas aumentaron y otras disminuyeron. Tal disparidad es poco probable que se explique por un solo factor; más bien, parece resultar de varios factores, como las condiciones climáticas, la mejora de la resistencia del hospedador, la atenuación de la virulencia o la densidad poblacional. Nuestro estudio sugiere que una serie nacional integral de datos de caza podría ayudar a dilucidar las diferencias en el impacto de las enfermedades emergentes a gran escala. La investigación futura debería centrarse en estudios serológicos longitudinales nacionales para arrojar luz sobre el estado inmunológico de las poblaciones de conejos en diferentes regiones para comprender mejor la evolución de las cepas de EHC y la resistencia adquirida por las poblaciones salvajes.