La cría en incubadoras influye significativamente en el desarrollo fenotípico de los peces, con posibles efectos adversos para el rendimiento posterior a la liberación de los individuos criados en incubadoras en entornos naturales, especialmente cuando se dirigen a la mejora de las poblaciones. Para evaluar la idoneidad de liberar peces criados en incubadoras, es esencial una comprensión integral de los efectos fenotípicos de la cría en cautiverio, a través de comparaciones con sus congéneres salvajes. En este estudio, investigamos la divergencia en la coloración corporal entre el pez roca mármol salvaje y el criado en incubadoras. Examinamos las preferencias de selección para diferentes colores de luz y evaluamos el impacto de diferentes colores de luz ambiental en la capacidad de cambio de color morfológico de los juveniles de pez roca mármol. Nuestros hallazgos revelaron diferencias significativas en el color corporal entre el pez roca mármol salvaje y el criado en incubadoras. Los valores de matiz y saturación del pez roca mármol salvaje fueron significativamente más altos que los de sus contrapartes criadas en incubadoras, lo que indica una coloración corporal más profunda y vibrante en la población salvaje. Tras un período de cría de diez días bajo diversos entornos de color de luz, el color del pez roca mármol salvaje permaneció relativamente sin cambios. En contraste, los peces roca mármol criados en incubadoras tendieron a cambiar su color, aunque no alcanzaron una coloración similar a la de los salvajes. Las pruebas de preferencia de color de luz demostraron que los juveniles salvajes de pez roca mármol mostraron una preferencia por un entorno de luz roja, mientras que los individuos criados en incubadoras mostraron una respuesta similar pero más débil. Tanto los peces roca mármol salvajes como los criados en incubadoras mostraron una notable fototaxia negativa en presencia de luz ambiental amarilla y azul. Estos resultados destacan el impacto de las condiciones de cría en incubadoras en el color corporal y la capacidad de cambio de color morfológico, y proporcionan información sobre las preferencias de selección de color de luz de los peces roca mármol. Para mitigar la divergencia en el desarrollo fenotípico y producir peces más similares a los salvajes para fines de repoblación, se deberían considerar modificaciones en el entorno de la incubadora, como la regulación del color de la luz ambiental.