La enfermedad de la escoba de bruja (CaWB) es la enfermedad más destructiva que afecta en China. Los estudios previos sobre CaWB no han logrado aclarar el patrón de incidencia después de la infección con fitoplasma. El intervalo de tiempo entre la infección del fitoplasma y la aparición de los síntomas de la escoba de bruja fue muy largo. Los inoculados con CaWB mostraron síntomas de quemadura en el margen de las hojas a las 4 semanas en las hojas inoculadas. A las 16 semanas después de la infección (WAI), las hojas viejas se cayeron, mientras que las hojas nuevas mostraron una leve quemadura en el margen de la hoja; a las 28 WAI, aparecieron síntomas típicos. Los análisis transcriptómicos y metabolómicos de los tres períodos de muestreo revelaron 194 genes diferencialmente expresados, principalmente enriquecidos en la señalización de MAPK, la interacción planta-patógeno, la biosíntesis de fenilpropanoides, el almidón y las vías de biosíntesis de fenilpropanoides, y la biosíntesis de fenilpropanoides. La expresión de la cinasa de proteína dependiente de calcio (CDPK), las genes beta cetoacil-CoA sintasa1/10 (KCS1/10) y WRKY22/29 en la vía de interacción planta-patógeno aumentaron significativamente, lo que indica que podrían ser genes clave en el mantenimiento de la homeostasis de ROS mediada por el fitoplasma CaWB. Además, se encontraron ácido isoclorogénico B, atractilenólido II y ácido 3-metoxibenzoico, que podrían servir como sustancias señalizadoras o funcionales en la respuesta de defensa. Nuestros resultados brindan nuevas perspectivas sobre la patogénesis de CaWB y la respuesta de defensa de bajo la influencia del fitoplasma. Además, identificamos posibles genes candidatos relacionados con la respuesta de defensa de , sentando las bases para futuras investigaciones.