Las circARN son esenciales en la regulación del crecimiento y desarrollo de los folículos y del sistema reproductivo femenino en múltiples niveles. Sin embargo, el mecanismo molecular por el cual las circARN regulan la reproducción en ovejas no está claro y requiere una mayor exploración. En este estudio, se realizó una secuenciación de ARN para revelar los perfiles de expresión de circARN en los ovarios de ovejas negras Cele y ovejas Hetian durante el estro. El análisis del número de circARN en sus genes anfitriones reveló que 5031 genes podrían producir 20,835 circARN. Entre los circARN diferencialmente expresados (DEcircARN), 75 estaban regulados al alza y 105 al baja. El análisis de enriquecimiento funcional mostró que los genes anfitriones de DEcircARN estaban involucrados en varias vías, incluyendo la vía de señalización MAPK y Hippo. Además, construimos una subred de ARN endógeno competitivo (ceARN) que contenía 4 ARNm, 4 microARN (miARN) y 10 circARN, potencialmente relacionados con el desarrollo de folículos. Se encontró que circARN funcionales (por ejemplo, novel_circ_0003851, novel_circ_0015526, novel_circ_0008117) actuaban como ceARN para ARNm relacionados con el crecimiento y desarrollo de folículos, al esponjar miARN funcionales (miR-29a, miR-29b, miR-17-5p). Finalmente, a través de un ensayo de captura de ARN, se seleccionó y confirmó a oar-miR-125b como el miARN objetivo de novel-circ-0041512. Analizamos la expresión general de circARN en los ovarios de ovejas. Además, exploramos los posibles mecanismos subyacentes a las funciones de circARN, proporcionando una base teórica para el progreso genético de los rasgos reproductivos en ovejas.