La carne de avestruz se caracteriza por su alto valor nutricional; sin embargo, sigue siendo un producto exótico en la mayoría de los países del mundo. En Europa, solo hay pocos datos disponibles sobre su contaminación microbiana, la prevalencia de bacterias resistentes a antimicrobianos y la seguridad. Por lo tanto, este estudio tuvo como objetivo investigar la calidad microbiológica y la seguridad de muestras de carne de avestruz (n = 55), cada una de un animal, producidas en Baviera, Alemania. El estado microbiológico proporcionado de la carne de avestruz incluyó bacterias aerobias mesofílicas, enterobacterias y levaduras y mohos mesofílicos. En términos de seguridad alimentaria, todas las muestras de carne fueron negativas para spp. y spp. Además, se investigaron muestras de carne y otras 30 muestras de heces de 30 individuos en busca de genes que producen toxina Shiga, con dos muestras de carne que fueron positivas en qPCR. Se analizaron cepas resistentes a antimicrobianos de muestras de carne y heces; se aislaron 13 potencialmente resistentes (muestras de carne) y 4 (muestras de heces), y se caracterizó su susceptibilidad frente a 29 y 14 antimicrobianos, respectivamente. Los resultados de este estudio proporcionan una visión general de las cargas microbianas y los aspectos de seguridad alimentaria que pueden utilizarse como datos de referencia para la industria de la carne de avestruz para mejorar su calidad higiénica. Sin embargo, se recomienda la implementación de programas de monitoreo y se deben establecer estándares microbiológicos para la producción de carne de avestruz.