Se llevó a cabo un estudio prospectivo para identificar comunidades bacterianas en las cavidades nasal y laríngea de cerdos con o sin signos clínicos de enfermedad respiratoria de manera longitudinal, desde el destete hasta la fase de engorde. Se recolectaron hisopos nasales y laríngeos de cerdos asintomáticos (n = 30), así como de cerdos con signos clínicos de enfermedad respiratoria (n = 30) al final de la fase de destete (T1-33 días), al final de la fase de guardería (T2-71 días) y en la fase de engorde (T3-173 días). Se extrajo ADN total de cada muestra, y se amplificó y secuenció la región hipervariable V4 del gen con la plataforma Illumina MiSeq. El análisis de coordenadas principales indicó que no había diferencias significativas entre las comunidades bacterianas nasales y laríngeas. Sin embargo, la composición de la microbiota en el tracto respiratorio superior (TRS) era claramente distinta entre los animales, con o sin signos de enfermedad respiratoria, particularmente en el post-destete y al final de la guardería. En cerdos con signos clínicos de enfermedad respiratoria, un género no clasificado de Pasteurellaceae fue más abundante que en cerdos sin signos. La predicción metabólica identificó 28 vías diferencialmente abundantes, principalmente relacionadas con el metabolismo de carbohidratos, energía, aminoácidos, anaerobio y nucleótidos en cerdos sintomáticos (especialmente en T2). Estos hallazgos proporcionan evidencia de que la composición de la microbiota bacteriana del TRS difiere significativamente al comparar cerdos con o sin signos clínicos respiratorios después del destete, y esta diferencia se mantiene en la fase de guardería; sin embargo, tales diferencias no fueron evidentes en la fase de engorde.