Este estudio explora la diversidad y funciones de los microbiomas en antiguos agroecosistemas del Geoparque de la Mixteca Alta (MAG). El análisis del microbioma podría brindar información sobre las comunidades bacterianas del suelo y su papel en mejorar la fertilidad del suelo, el ciclo de nutrientes y el crecimiento de las plantas. Usamos secuenciación de amplicones del gen 16S ARNr para identificar características clave en la composición de la microbiota de los agroecosistemas Lama-bordo, Valle y Terraza en MAG. El análisis de los suelos de los agroecosistemas reveló 21 filos bacterianos, con , , , y dominando. Estas comunidades microbianas contribuyen a la salud del suelo, al ciclo del carbono y a la supresión de enfermedades. El estudio identificó filogrupos específicos y vías metabólicas asociadas con entornos ricos en nutrientes como Lama-bordo y Valle, y suelos pobres en nutrientes y arenosos como Terraza. Los suelos de Lama-bordo y Valle se agruparon debido a la similitud del microbioma a pesar de la separación geográfica, mientras que los suelos de Terraza difirieron. Los suelos ricos en nutrientes de Lama-bordo y Valle albergan bacterias copiotróficas, mientras que los suelos pobres en nutrientes de Terraza favorecen especies oligotróficas como . El análisis funcional de los microbiomas revela vías metabólicas distintas, incluida la biosíntesis de antibióticos (estreptomicina, vancomicina) que sugieren un papel en la resistencia a enfermedades de las plantas, vías de aminoácidos que indican un ciclo activo de nitrógeno, y vías de vitamina B5 y ácido lipoico que contribuyen al metabolismo energético y funciones antioxidantes.