Analizamos nueve rasgos del sistema radicular de 223 genotipos de la subespecie (2n = 4x = AABB), encontrando una gran variabilidad intra e interespecífica tanto en el número y tamaño de las raíces, como en su distribución espacial. Estudiamos la presencia de un MITE incompleto (Elemento Transponible de Inversión en Miniatura) insertado en el gen, que está presente en algunos genotipos de , , y , pero no en y el 97.9% de los accesos. La comparación entre genotipos muestra que los genotipos con el elemento MITE tienen raíces más pequeñas y menos profundas. Dado que se considera que es el donante del genoma B del trigo, se analizó la presencia del mismo elemento MITE en 55 accesos de las especies , , y y en ningún caso se detectó. Proponemos que después de la aparición de la subespecie , la inserción del elemento MITE probablemente ocurrió en una sola planta. La domesticación posterior resultó en genotipos de con y sin el elemento MITE, que tras la selección dieron lugar a las subespecies , y y respectivamente. El elemento MITE se puede utilizar para diferenciar de y con alta fiabilidad.