El desafío de extraer ARN de alta calidad impide la investigación del transcriptoma de los embriones de salmónidos en desarrollo. Además, el patrón de expresión de ARNm de importantes genes PGC y SD durante el desarrollo embrionario inicial aún no ha sido estudiado. Por lo tanto, en el presente estudio, nuestro objetivo fue aislar ARN de alta calidad de los huevos y embriones en desarrollo para verificar la expresión de genes mediante qPCR. Adicionalmente, se validaron cuatro HKGs para seleccionar el mejor control interno para qPCR. Se extrajo ARN de alta calidad, lo cual fue confirmado por espectrofotometría, electroforesis en gel de agarosa y análisis de Agilent TapeStation. Se eligió un gen de referencia porque mostró menor variación intra e inter-muestra. Los transcritos se expresaron en todas las etapas de desarrollo, mientras que otro se expresó solo hasta 40 grados Celsius. Otro se expresó en etapas posteriores y se mantuvo en su punto máximo por un período más corto, mientras que otro mostró un patrón irregular de expresión de ARNm. Se observó que los niveles de expresión de ARNm de los genes SD estaban regulados al alza durante las etapas posteriores del desarrollo, antes de la eclosión. Este estudio presenta una metodología sencilla para aislar ARN de alta calidad de huevos de salmón, y los perfiles de transcripción resultantes de genes PGC y SD significativos podrían ayudar a mejorar nuestra comprensión del desarrollo reproductivo en esta especie de importancia comercial.