La erradicación de microorganismos presentes en el sistema de conductos radiculares durante la terapia endodóntica es uno de los factores críticos que afectan el resultado final del tratamiento endodóntico. Sin embargo, incluso una técnica adecuada de tratamiento de conductos radiculares y el uso de irrigantes de acuerdo con el protocolo establecido no conducen a la eliminación completa de microorganismos durante el tratamiento endodóntico. La presencia de (.) dentro del sistema de conductos radiculares puede ser un factor importante que contribuye al fracaso del tratamiento. La introducción de técnicas de agitación en la irrigación, como la irrigación ultrasónica pasiva (PUI) y el uso del instrumento activador XP-endo Finisher (XPF), contribuyen a una mejor limpieza y desinfección del conducto radicular. Este estudio se realizó en 42 conductos radiculares inoculados experimentalmente y expuestos a tres protocolos de irrigación. Estos han incluido un protocolo de irrigación estándar utilizando una jeringa y aguja, irrigación ultrasónica pasiva y activación del irrigante utilizando un instrumento XPF. La reducción de microorganismos se evaluó utilizando la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real (RT-PCR) y a través del método para determinar el número de unidades formadoras de colonias en medio de cultivo nutritivo (CFUs). Los resultados de este estudio mostraron que el uso de protocolos de irrigación suplementarios, PUI y XPF, condujo a una disminución significativa en el número de microorganismos dentro del conducto radicular de los dientes experimentales. Estos hallazgos indican un impacto positivo significativo de estos procedimientos en la desinfección del sistema de conductos radiculares.