Las rocas cristalinas se caracterizan generalmente por una porosidad y permeabilidad negligibles en términos de explotabilidad de aguas subterráneas. Sin embargo, los procesos de alteración pueden aumentar considerablemente su permeabilidad por fracturas e inducir la formación de acuíferos modestos, pero localmente importantes. Por lo tanto, las características del subsuelo de las zonas de alteración son de gran importancia para la evaluación hidrogeológica de los terrenos cristalinos. Los procesos de alteración afectan en gran medida la porosidad total de la roca y el contenido de agua, causando una resistividad eléctrica contrastante de las rocas afectadas por diferentes grados de meteorización. Esto hace que la tomografía de resistividad eléctrica (ERT) sea un método geofísico preferible para la exploración de zonas de alteración en rocas cristalinas. En nuestra investigación, utilizamos un enfoque integrado, combinando el método ERT con el monitoreo del caudal de manantiales y la hidroquímica para caracterizar acuíferos metamórficos en las laderas de la montaña Medvednica (Croacia). Se ha encontrado que los acuíferos de flujo por fracturas significativas se forman en masas rocosas intensamente fracturadas pero no muy meteorizadas (valores de resistividad media a alta), mientras que las masas altamente meteorizadas (valores de resistividad baja) forman barreras locales para los flujos por fracturas. La estructura del subsuelo de la zona de alteración resultó ser altamente irregular, con contactos agudos entre rocas más y menos meteorizadas. La disminución de la permeabilidad por debajo de la zona de alteración mantiene el nivel del agua cerca de la superficie y permite la aparición de manantiales en las laderas de la montaña. Los acuíferos estudiados tienen una extensión relativamente limitada, lo que resulta en una capacidad típica de los manantiales principales de unos pocos l/s. Los manantiales más frecuentes pero menos productivos se atribuyen al drenaje de la parte superficial de la zona de alteración (principalmente saprolito). La combinación del método ERT con el monitoreo de manantiales demostró ser muy efectiva como una metodología inicial y relativamente económica para la caracterización hidrogeológica de terrenos cristalinos, tanto a escalas locales como de cuenca.