Las transformadas de Fourier son una herramienta poderosa en la predicción de las propiedades de secuencia de ADN, como la presencia/ausencia de codones. Hemos compilado previamente una base de datos de las propiedades estructurales de todos los 32,896 octámeros de ADN únicos. En este trabajo aplicamos técnicas de Fourier al análisis de las propiedades estructurales de los cromosomas humanos 21 y 22, así como a tres conjuntos de sitios de unión de factores de transcripción dentro de estos cromosomas. Encontramos que, para una propiedad estructural dada, los espectros de potencia de las propiedades estructurales de los cromosomas 21 y 22 son sorprendentemente similares. Encontramos picos comunes en sus espectros de potencia tanto para los sitios de unión de factores de transcripción Sp1 como p53. Utilizamos los espectros de potencia como una huella estructural y realizamos búsquedas de similitud para encontrar regiones de sitios de unión de factores de transcripción. Este enfoque proporciona una nueva estrategia para buscar información en los datos genómicos. Aunque es difícil entender la relación entre propiedades funcionales específicas y el conjunto de parámetros estructurales en nuestra base de datos, nuestras huellas estructurales proporcionan de todas formas una herramienta útil para buscar información funcional en datos de secuencias. Las huellas de espectro de potencia proporcionan un método simple y rápido para comparar un conjunto de secuencias funcionales, en este caso regiones de sitios de unión de factores de transcripción, con las secuencias de cromosomas completos. Por sí sola, la huella de espectro de potencia no encuentra todos los sitios de unión de factores de transcripción en un cromosoma, pero los resultados presentados aquí muestran que en combinación con otros enfoques, esta técnica mejorará las posibilidades de identificar secuencias funcionales ocultas en los datos genómicos.