La evaluación de variables abióticas y bióticas puede proporcionar información para comprender la estructura y función de los sistemas lóticos. Para obtener esta información, se realizaron mediciones de 15 variables químicas y físicas, así como del fitoplancton, en dos estaciones de muestreo. El presente estudio busca evaluar la variación temporal y espacial de las diatomeas planctónicas en términos de variables abióticas y el nivel trófico del agua del río, y seleccionar especies de diatomeas como descriptoras de las condiciones físicas y químicas del agua aguas arriba (S1) y aguas abajo (S2) del río Iguazú a lo largo de un ciclo anual. La estación de muestreo S1 se clasificó como oligotrófica a mesotrófica, y la S2, como ultraoligotrófica a oligotrófica. Se registró un total de 98 especies de diatomeas distribuidas en 39 géneros, sin especies dominantes, pero con 36 especies abundantes. Aunque las diferencias en las variables químicas y físicas entre S1 y S2 se limitaron a una mayor turbulencia y turbidez, los procesos desencadenados por las fuertes lluvias influyeron significativamente en la estructura de la comunidad, observándose un cambio temporal en su composición. Al final del período seco, debido a la recuperación de nutrientes y la alta transparencia, se observó abundancia de Cocconeis placentula var. lineata. En el período lluvioso, con un aumento de los procesos de turbulencia y turbidez debido a las mayores precipitaciones, se observó abundancia de Aulacoseira granulata var. granulata.